序卷之一五绝死第一虚劳第二诸风第三伤寒时疫第四中诸毒第五诸虫蛇伤第六头痛第七咽喉第八心病第九腹痛第十腰痛第十一疝气第十二诸气第十三香港脚第十四水蛊第十五痰嗽第十六胃病呕噎第十七诸血第十八消渴第十九霍乱
卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
自叙卷上·经络脏腑无气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论卷上·脉诊脉决死生论症脉轻重论脉症与病相反论卷上·病中风论臌膈论寒热
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
养生肤语
松崖医径
序卷上辨阴证阳证辨脉辨寒热辨外感八风之邪辨手心手背辨口鼻辨气少气盛辨头痛辨筋骨四肢辨外伤不恶食辨渴与不渴辨劳役受病表虚不作表实治之辨证与中热颇相似卷中饮食劳倦论补中益气汤立方本指朱砂安神丸四时用药加减
竹林寺女科
自序心部药队补心猛将北五味酸枣仁柏子仁远志肉丹参龙眼肉麦门冬当归次将白芍药茯苓神猪心血琥珀淮小麦合欢皮龙角泻心猛将牛黄石菖蒲黄连木通辰砂犀角次将山栀仁连翘通草车前子叶竹卷心灯心莲子心石莲子安息香乳香金
古今名医方论