序卷之一温邪门暑邪门伏暑门疟疾门痢疾门黄胆门卷之二中风门肝风痰火门虚劳门吐血门臌胀水肿门卷之三积聚门（附虫积）脘腹痛门噎膈反胃门三消门痰饮门痰喘门卷之四咳嗽门疝气门遗精淋浊门痉厥门杂病门妇人门产后门幼
序凡例卷一·慎疾法语省身修德卫生总要饮食宜忌养生铭保命箴寡欲说延年六字诀惜三宝益五脏先时加谨摄生要言勿药须知十二段动功行功六字静功解十二时病为善去疾吕祖治百病符卷二·杂症头疾面疾眼疾耳疾鼻病口病唇病舌
序原叙原例（次序略经更定）通行经络（补）人参高丽参黄精大枣面鹿肉羊肉鳝鱼淡菜人乳人气紫河车（和）甘草香附连翘合欢皮芜荑海桐皮乳香没药竹沥荆沥广皮枳子菠菜荠菜白豆酒灵砂百沸汤鹈鹕油蜂蜜（攻）大戟甘遂商陆
金匮要略金匮要略方论序卷上 藏府经络先后病脉证第一卷上 痉湿喝病脉证第二卷上 百合狐惑阴阳毒病证治第三卷上 疟病脉证并治第四卷上 中风历节病脉证并治第五卷上 血痹虚劳病脉证并治第六卷上 肺痿肺痈咳嗽上
叙凡例补益之剂（十首、附方七）四君子汤升阳益胃黄鳖甲秦艽鳖甲秦艽扶羸汤紫菀汤百合固金补肺阿胶小建中汤益气聪明汤发表之剂（十四首、附方八）麻黄汤桂枝汤大青龙汤小青龙汤葛根汤升麻葛根汤九味羌活十神汤神术散
自序凡例卷上寒总论肾虚人易犯伤寒论不服药为中医论两感论时行疫症伤寒十六症类伤寒六症内伤外感辨治伤寒宜早视伤寒宜详辨成氏再传之讹六经七日病愈论仲景三百九十七法一百一十三方论陶氏辨差认十六条察色法察目法察
简介序凡例卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八卷之九卷之十附录
陆序姚序例言卷一卷二卷三附刊书札跋
卷一痘原出痘形证痘出五脏形证痘主部位痘形顺逆痘色顺逆痘证老嫩痘证疏密辨形神声气饮食之虚实辨气血虚实证辨表证虚实辨里证虚实辨阳热证辨阴寒证辨虚实寒热误治禀赋顺逆险天时顺逆险人事顺逆险发热顺证发热险证发热
序卷一十二官六脏六腑纳甲诗内景说心说肝说脾说肺说肾说胃说胆说大肠小肠说三焦说手心主说(即心包络)膀胱说命门说附录高士宗部位说经络易知十二经脉起止图十六络穴图经络说十二经诗十六络诗十二经气血流注诗（旧本